IMAGEREVEAL MS|技術情報

 

操作方法・トラブルシューティング

1. はじめに


2. 解析を始める前に

2-1 データ行列一時ファイルの保存場所を設定する(初回時のみ)  PDF 

2-2  データ行列を作成する  PDF 
 2-2-1 化合物テンプレートを作成する  PDF 

 
 

3. 解析

3-1 変動成分を知りたい  PDF 
 3-1-1  変動を知りたい - 検定  PDF 
 3-1-2  変動を知りたい_PCA  PDF 
 3-1-3 変動を知りたい_PLS  PDF 
 3-1-4  ROIの形状を保存する  PDF 
 3-1-5  ROI設定 属性を追加する  PDF 

3-2 局在を視覚化したい  PDF 
 3-2-1 局在を知りたい_類似画像抽出  PDF 
 3-2-2 画像レジストレーション  PDF 
 3-2-3 局在を知りたい_画像分類  PDF 
 3-2-4 セグメンテーション  PDF 

3-3 「まとめて解析」を行う  PDF 

3-4 MSイメージの操作
 3-4-1 画像の重ね合わせ  PDF 
 3-4-2 画像演算  PDF 
 3-4-3 MSイメージのコピーの設定  PDF 
 3-4-4 タグ付け(色分け)  PDF 
 3-4-5 簡単にMSイメージを確認するには  PDF 
 3-4-6  MSイメージの調整  PDF 

3-5 定量解析の方法  PDF 


4. よくある質問事項

4-1 HELPの使い方  PDF 
4-2 [エラー]処理対象の参照画像  PDF 
4-3 P値など統計量が表示されない  PDF 
4-4 箱ひげ図が出ない  PDF 
4-5 ノンターゲット解析でbin幅に小さい値を入力できない  PDF 
4-6 複数の画像に同じカラーバーを設定する  PDF 
4-7 複数データの再解析で画像上の違いが分かりにくい  PDF 
4-8 imzMLから変換したIMDXファイルに問題がある場合  PDF 
4-9 スペクトルの縦軸の数値がおかしいと思われるとき  PDF 
4-10 使用するアダクトイオンの変更法  PDF 
4-11 未測定点の色を変更する(透明も含む)  PDF 
4-12 ROI内のデータ点数(面積)を知りたい  PDF 
4-13 エラーコード1101でIMDXファイルが読み込めない  PDF 

 
 
 

サンプルデータのダウンロード

 データフォーマットとデータ変換可能なフォーマットについて

IMAGEREVEAL MSは,IMDX形式のファイルを読み込むことができます。
以下の3つの形式のファイルは、本ソフトウェアに付属のデータコンバーター「IMDX Converter」を用いて、IMDXファイルに変換できます。

 

1. kbd

iMScopeシリーズで取得したデータ形式です。

  • iMScopeシリーズで取得したkbdファイルは、LCMSsolution(Ver. 3.81以降)がインストールされていないと変換できません。

 

2. Analyze 7.5

AXIMAシリーズでエクスポートしたデータ形式です。

  • AXIMAシリーズ以外でエクスポートした「Analyze 7.5 形式」のデータはサポートしていません。
  • IMDXファイルに変換可能なAnalyze 7.5ファイルは、総スポット数が38000点以下、m/zの範囲は5~500000のファイルです。

 

3. imzML

MSイメージング用の共通データフォーマットです。

  • Processed形式のimzMLファイルをIMDXファイルに変換すると、設定されたサンプリング間隔(元データがセントロイドの場合はピーク幅)で補間が行われ、すべての測定点で同じサンプリング位置のプロファイルデータが保存されます。そのため、元データのサンプリング位置とは厳密には一致しません。
  • MALDI-7090以外の「imzML」形式のデータは、IMDXファイルへの変換ができない場合があります。MALDI-7090以外の「imzML」形式のデータでも動作実績はありますが、すべての「imzML」形式のデータファイルの変換を保証するものではありません。「imzML」形式を使用する場合、まずはデモ版で動作確認をしてください。 →データ変換実績(英)  PDF 
  • 本製品では「imzML」形式のデータのうち「Continuous」、「Processed」タイプのプロファイルデータ、「Processed」タイプのセントロイドデータの動作実績があります。ただし、セントロイドデータはIMDX形式に変換する際にプロファイルデータに変換されます。 →Centroid Profileの説明(英)  PDF 
  • IMDXファイルに変換可能なimzMLファイルは、XY方向のスポット数がそれぞれ65,535点以下、m/zの範囲は5~500,000のファイルです。
 
 

技術的な問合せ

IMAGEREVEAL MSに関する技術的なお問合せは,専用のお問合せフォームへお願いします。
 

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