IMAGEREVEAL™ MS 技術情報

データフォーマットとデータ変換

各解析を始める前に、本ソフトウェアに付属のデータコンバーター「IMDX Converter」を用いて、測定データをIMDXファイルに変換する必要があります。

データ変換手順 - 資料のダウンロード(英語)

IMDX Converterは、以下の形式のデータを取り扱うことができます。

kbd
iMScopeシリーズで取得したデータ形式です。
IMDX Converterを使って、「kbd」形式のデータを、IMAGEREVEAL MSで直接読み込むことのできる「IMDX」形式に変換できます。

Analyze 7.5
AXIMAシリーズでエクスポートできるデータ形式です。
IMDX Converterを使って、「Analyze 7.5」形式のデータを、IMAGEREVEAL MSで直接読み込むことのできる「IMDX」形式に変換できます。

imzML
「MALDI-7090」でエクスポートできるデータ形式です。
IMDX Converterを使って、「imzML」形式のデータをIMAGEREVEAL MSで直接読み込むことのできる「IMDX」形式に変換できます。

IMDX
IMAGEREVEAL MSで直接読み込むことのできるデータ形式です。

 

Processed形式のimzMLファイルをIMDXファイルに変換すると、設定されたサンプリング間隔(元データがセントロイドの場合はピーク幅)で補間が行われ、すべての測定点で同じサンプリング位置のプロファイルデータが保存されます。そのため、元データのサンプリング位置とは厳密には一致しません。

AXIMAシリーズ以外でエクスポートした「Analyze 7.5 形式」のデータはサポートしていません。

MALDI-7090以外の「imzML」形式のデータは、IMDXファイルへの変換ができない場合があります。MALDI-7090以外の「imzML」形式のデータでも動作実績はありますが、すべての「imzML」形式のデータファイルの変換を保証するものではありません。「imzML」形式を使用する場合、まずはデモ版で動作確認をしてください。

データ変換実績 - 資料のダウンロード(英語)

本製品では「imzML」形式のデータのうち「Continuous」、「Processed」タイプのプロファイルデータ、「Processed」タイプのセントロイドデータの動作実績があります。ただし、セントロイドデータはIMDX形式に変換する際にプロファイルデータに変換されます。

Centroid とProfileの説明 - 資料のダウンロード(英語)

IMDXファイルに変換可能なimzMLファイルは、2GB未満かつ総スポット数が100万点以下、XY方向のスポット数がそれぞれ65535点以下、m/zの範囲は5~500000のファイルです。
IMDXファイルに変換可能なAnalyze 7.5ファイルは、総スポット数が38000点以下、m/zの範囲は5~500000のファイルです。

iMScopeシリーズで取得したkbdファイルは、LCMSsolution(Ver. 3.81以降)がインストールされていないと読み込めません。

 
 

エラーメッセージの対処法

データ一時保管場所の設定

本ソフトウェアをインストール後初めて使用する際には、データ行列一時ファイルの保存場所を設定する必要があります。
設定しないとデータ行列を作成できません。
参照 マニュアル「データ行列・ストレージの設定」 P.192
 

 

レジストレーションしないと使えない

事前にMSデータと参照画像間の調整(レジストレーション)が必要です。
取扱説明書 2.2.2 測定データファイルを開くをご覧ください。
 

箱ひげ図やヒストグラムが出ない

MSイメージを作成してから、MSイメージリスト内で目的のイメージを選択してください。
 

P値など統計量が表示されない

“検定”を実行してください
 

ROIの点数

ROI内の点数は現状表示されません。
ヒストグラムから“テキスト形式でエクスポート”して、エクスポートされたファイルの中の“Original intensity”の行数を数えてください。
 

「MS」と「REF」の使い方(押しても画像がほとんど変わらない)

「MS」と「REF」はそれぞれ、MSデータか参照画像の全体に表示領域が合うように変更する機能です。MSデータと参照画像が同じサイズの場合、どちらを押しても違いはありません。
 

データファイルのマージ

imzMLのデータであればimzMLconverterで可能です(タイル状に分割してある必要があります)。
 

 

技術的な問い合わせ

IMAGEREVEAL™ MSに関する技術的な問い合わせは、専用のフォームへお願いします。- 問い合わせフォーム

 
 

Top of This Page