AXIMA微生物同定システム - オプション
MALDI Microorganism Identification System
さらなる高精度の細菌識別に
AXIMA微生物同定システム対応 高精度細菌識別ソフトウェア Strain Solution Ver. 2（オプション）
Strain Solutionは，プロテオタイピングの手法に基づき，質量分析計MALDI-TOF MSを用いて，①細菌の種レベル以下の識別 （亜種や株レベルの識別，特定の血清型，遺伝子型のスクリーニングなど），②分子系統分類，を行うためのソフトウェアです。
識別を行うためのタンパク質マーカーをあらかじめ登録しておき，対象菌株のMALDI-TOF MS測定データとの一致／不一致を判定することにより，識別を行います。
特長
- AXIMA微生物同定システムと組み合わせることで，従来のMALDI-TOF MSフィンガープリント法による微生物識別法と比べ，より精度・信頼度の高い識別結果を得ることが可能です。
- 遺伝子の塩基配列の違いに基づく細菌の識別が，MALDI-TOFMSで迅速・簡便に行えるようになります。
- プロテオタイピング法と付属のクラスター解析機能を組み合わせることにより，理論的根拠に基づいた分子系統分類を行うことが可能です。
- データベースが構築できます。
大腸菌O157とnon-O157のマーカーピークの違い*
* Teruyo Ojima-Kato, Naomi Yamamoto, Mayumi Suzuki, Tomohiro Fukunaga,and Hiroto Tamura: Discrimination ofEscherichia coliO157, O26 and O111 from other serovars by MALDI-TOF MS based on theS10-GERMS method.
PLoS ONE, 2014, 9: e113458.
用途
- 保有菌株の管理
- 16S rRNA配列解析では判別が難しい類縁菌間の理論的根拠に基づいた識別
- 分子系統分類
- 血清型スクリーニング
プロテオタイピングとは・・・
MALDI-TOF MSなどで検出したタンパク質成分をマーカーとして，微生物の識別を行う方法です。マーカーは，遺伝子の塩基配列情報などに基づいて，あら かじめ特定しておきます。従来の，DNAシーケンシングなどの遺伝学的手法に基づくタイピング法と比べ，簡便・迅速という利点があります。目的菌種のゲノム配列が解読されていない場合は，リボソームタンパク質の約半数をコードしているS10-spc-alphaオペロンの塩基配列を解読することにより，プロテオタイピングを行うことが可能です（S10-GERMS法：S10-spc-alphaoperon Gene Encoded Ribosormal protein Mass Spectrum）。
注意事項
| ※1 | 青枠内に示した部分は本ソフトウェアの機能に含まれていません。 |
| ※2 | 本ソフトウェアには，マーカーピークデータベースは付属していません。使用のためには，目的菌種の菌株マーカーピークをあらかじめデータベースに登録しておく必要があります。専用データベース（オプション）を利用する場合は，マーカーピーク選別のステップは必要ありません。 |
Strain Solution専用 データベース（オプション）
登録菌種一覧
| 属 | 種 | 血清型 |
|---|---|---|
| Escherichia | coli | O157 |
| O26 | ||
| O111 | ||
| albertii | ||
| Listeria | monocytogenes | 1/2a |
| 1/2b | ||
| 1/2c | ||
| 3a | ||
| 3b | ||
| 3c | ||
| 4a | ||
| 4b | ||
| 4d | ||
| innocua | 6a | |
| ivanovii subsp. ivanovii | ||
| ivanovii subsp. londoniensis | ||
| seeligeli | ||
| welshimeri |
注意事項
| 1 | 本データベースはオプションです。登録菌種は2016年11月現在の内容です。 |
| 2 | 本製品に含まれる情報の正確性や，その使用の結果得られる情報の有用性については何らの保証もされないことをあらかじめご了承ください。 |
本ソフトウェアは，学校法人 名城大学と国立研究開発法人 産業技術総合研究所のシーズをもとに，愛知県「知の拠点」重点研究プロジェクト食の安心・安全技術開発プロジェクト（グループリーダー：名城大学 農学部 環境微生物学研究室 田村廣人教授）によって得られた成果を元に作成しています。