In-Source Decayによるタンパク質のシークエンス解析

はじめに

MALDI-TOF型質量分析計では，イオン源内におけるフラグメンテーション（ISD, In-Source Decay）により生じたイオンを検出することができます。タンパク質についてISDが生じた場合には，N末端側のc系列イオンが主に検出されます。 これまで，2,5-dihydroxybenzoic acid（DHB）がISDを引き起こすマトリクスとして汎用されていましたが，最近1,5-diaminonaphtalene（DAN）が，より効果的なマトリクスとして報告されました。DANを使用してISDイオンを検出することにより，簡便にアミノ酸配列情報を取得し，ホモロジー検索により相同性の高いタンパク質を調べることができます。 DANをマトリクスとして得られたウシ血清アルブミン（BSA）の質量スペクトル（リニアーモード）を示しました。BSAのN末端のアミノ酸配列について，c9～c41（c34とc39を除く）を帰属することが出来ました。ピークの帰属にはAXIMA付属ソフトのDatabase viewer機能を使用すると便利です（Leu/IleやLys/Glnの区別は不可）。

2009.07.29