走査型プローブ顕微鏡(SPM)は,試料表面を微小なプローブ(探針)で走査し,試料の三次元形状や局所的物性を高倍率で観察することができます。ウイルスの評価も可能であり,アデノウィルスを観察した例が報告されています。またウイルスに対する標準的な生物学的アッセイとして知られるプラークアッセイは、感染性ウイルス粒子が、培養細胞の単層表面に、細胞病理学上プラークと呼ばれる肉眼で見える単一の領域を生じさせる現象を利用した、ウイルスの感染能を測定する手法です。このプラークの領域とその大きさを非侵襲的に計測する装置として、CultureScanner CS-1やCell3iMager duosの活用が可能です。