次世代シーケンサーのサンプルチェック

次世代シーケンサーのサンプルチェック

次世代シーケンサー(NGS)は,その技術発展からde novoシーケンシング,変異・エクソーム・発現解析などに用途が拡がっています。また,要求される解析処理能力に応じて機種を選択することが可能になりました。用途や機種に関係なく共通している点として,良質なシーケンシング結果を得るためには NGS ライブラリーのサイズ分布と濃度を把握する必要があり, NGS を利用する上でそれらの クオリティーコントロール(QC)は必要不可欠です。
ライブラリー調製から QC までの操作は煩雑な手作業の連続であり,迅速,簡便,且つ安価な QC 方法が求められています。ここでは,この課題を解決するためDNA/RNA分析用マイクロチップ電気泳動装置 MCE-202 MultiNA を用いたNGS ライブラリーQCへの応用について,マウスのRNAシーケンス解析を例にご紹介します。

シーケンシングフローとMultiNA応用範囲

NGSライブラリーのQC工程において,MultiNAのスメア解析ソフトウェア※を利用することでライブラリーの推定平均サイズ,濃度およびモル濃度を算出することができます。

NGSワークフローとMultiNAのライブラリーQCの応用範囲

NGSワークフローとMultiNAのライブラリーQCの応用範囲

MultiNAでのNGSライブラリー泳動例

MultiNAでのNGSライブラリー泳動例



マウスのRNAシーケンシング例

MultiNAでQCを行ったマウスのRNAシーケンシング結果では,充分なリード長と,Indexタグ配列による各ライブラリー間で安定したリード比率を得ることができました。これらの結果は,MultiNAを利用したライブラリーQCではサイズ分布を確認するだけでなく,ルーチンに分析するライブラリーに対して定量も同時に実施できることを示唆しています。MultiNAをNGSライブラリーQCに応用することで迅速かつ簡便なQCが可能となります。

クラスタ密度 548k/mm2 総リード数 151.5M reads
リード数(フィルター処理後) 143.3M reads ≧Q30比率 95.9%
4ライブラリーのリード比率 21.2% - 26.2%(4ライブラリー/1レーンをIndexタグ配列でソート:理論値25%)
サンプルおよびデータご提供:小原 收 先生
※MultiNAソフトウェア Ver.1.12以上が必要です。        



DNA/RNA分析用マイクロチップ電気泳動装置

マイクロチップを用いた電気泳動法により,DNAやRNAのサンプルを大きさによって分離し,DNAやRNAの核酸サンプルのサイズ(大きさ)確認やおおまかな定量を行います。マイクロチップを用いることによって電気泳動分離を高速に,蛍光検出により高感度に,しかも全自動で分析することができる電気泳動装置です。



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